Մինչև այժմ պարզված չեն Խ. Աբովյանի անհետացման հանգամանքները: Բազում ենթադրություններ կան այդ մասին: Շատ կարևոր է, թե պատմական այդ ժամանակաշրջանում ինչպես էին ձևավորվում Աբովյանի հասարակական-քաղաքական հայացքները: Ռուսաստանի նկատմամբ խանդավառ վերաբերմունք ունեցող Աբովյանի մոտ առաջացան գաղափարական շրջադարձի բոլոր նախադրյալները՝ ձախողվեցին կրթական-լուսավորչական ծրագրերը և, ընդհանրապես, չիրականացան սեփական պետականությունը վերականգնելու հայ ժողովրդի բոլոր ձգտումները: Ցարիզմի հայահալած քաղաքականության դեմ ընդվզելու արդյունքը՝ 1848թ. ապրիլի 2-ին մեծ լուսավորչի առեղծվածային անհայտացումն էր, որի ստույգ մանրամասները առ այսօր թաղված են թանձր խավարի մեջ: Աբովյանի անհետացման շուրջ շրջանառվել են զանազան վարկածներ:
- Աբովյանին սպանել են թուրքերը և հետքերը վերացնելու համար մարմինը գցել գետը, իբրև՝ ինքնասպան է եղել: Խ. Աբովյանն ուներ մի քանի թուրք աշակերտներ, որոնցից սիրելին Շաֆի Բեկն էր: Նրա հայրը մեկնում է Պարսկաստան՝ աշխատելու, թողնելով կնոջն ու որդուն Երևանում: Սիրելի աշակերտի մայրն այգին և տունը չկորցնելու համար դիմում է Աբովյանին և դրամական օգնություն խնդրում: Ըստ վարկածի՝ ասում են, որ Շաֆի Բեկի հայրը վերադառնում է և պարտքը վերադարձնելու փոխարեն կազմակերպում պարտատիրոջ սպանությունը:
- Ժողովրդի մեջ տարածված էր նաև ինքնասպանության վարկածը: Ասում են` Մարտիրոս անունով մի ձկնորս, ձուկ որսալու ժամանակ քարերի մեջ մի դիակ է գտնում: Եվրոպական ձևի շապիկը և կոճակները հուշում են նրան, որ դա Աբովյանի դիակն է: Ձկնորսը, վախենալով, որ իրեն կկասկածեն, այդ մասին չի բարձրաձայնում ու մարմինը գցում է գետը: Միայն մահից առաջ է համարձակվում այդ մասին պատմել:
- Ըստ մեկ այլ վարկածի Աբովյանը ծպտված հեռացել է Կարսի կողմերը` դեպի Գյանջա, Կովկասյան լեռներ`Շամիլի մոտ:
- 1859թ. սկզբներից արևմտահայության շրջանում ծնվում է մի նոր վարկած, ըստ որի` Խ. Աբովյանը ցարական կառավարության կողմից աքսորվել է Սիբիր:
- Ակսել Բակունցի տեսակետով՝ Աբովյանը գնացել է 1848 թվականի եվրոպական հեղափոխություններին մասնակցելու: