Канакер- одно из древнейших поселений исторической Армении. Именно здесь, в октябре 1805 года, родился один из величайших людей, легенда армянской истории, демократ- просветитель Хачатур Абовян, здесь и прошло его раннее детство (1805-1814гг.).
Об основании и наименовании Канакера сохранились разные предания. В одном из них говорится, что Канакер или Камакер был местом поселения сына Ноя -Кама, который поселился здесь сразу же после потопа.
В другом предании говорится, что в древности в восточной части этой деревни, на холме Дарабас жил царь или князь по имени Канан. Его сестру местные жители называли Кананова сестра, отсюда и возникло «Канакуйр» (куйр— сестра) или «Канакер».
А вот предание, которое поведал Абовян. Согласно ему, название Канакер произошло от выражения «Ка, на, керн…». Как-то женщина, проходившая мимо кладбища, видя человека, скорбящего у могилы сестры, обратилась к подруге: «Ка (т. е. подруга), на керн вохба зкоруст…» (он скорбит по сестре). От первых слов этого выражения образовалось в дальнейшем название деревни.
О многовековой истории Канакера рассказывают памятники, находящиеся в деревне. Самый древний памятник, дошедший до наших дней, это Хачкар-надгробный памятник (1265г.), который называется памятником Всеспасителя. В 1679 г., во время ужасного землетрясения Канакер разрушился до основания, но надгробный памятник остался невредим. Памятник Всеспасителя считается одним из лучших образцов гравюры.
В Канакере примечательны две исторические церквиː церковь Св. Акопа (основанная в 1695г. и реставрированная в 1795г.).
«Это превосходное архитектурное сооружение, парадный вход и рамки которого украшены мягким орнаментом в древне-армянском стиле»,-писал немецкий профессор Герман Абих.
На северо-восточной стороне церкви Св. Акопа, на маленьком холме, в центре общественного кладбища в 1695г. была основана церковь Св. Богородицы, которая реставрировалась в 1875 году.
Согласно словам диакона Закария, эта церковь принадлежала монашескому братству, т.е. Канакерскому монастырью. Братство имело свою школу, где для сел готовили священников и дьячков .