До сих пор остается не распутанным узлом исчезновение Абовяна. В 1848 году Абовян собирался переехать в Тифлис. Он получил приглашение из Нерсисянской школы. Но рано утром 2-ого апреля, 1848 года он вышел из дома и не возвратился. Куда он ушел и что с ним случилось, неизвестно. Его исчезновение осталось неразгаданным.
Есть несколько гипотез по поводу исчезновения Х. Абовяна. По одной версии его убили чтобы не возвращать долг или убили на почве ревности. А по другой версии он отправлен в ссылку в Сибирь. В любом случае его убило темное время. Он стал жертвой жестокого времени и пал как великий патриот.