Քանաքեռը Հայաստանի հնագույն բնակավայրերից է: Այստեղ է 1805 թվականի հոկտեմբերին ծնվել հայոց պատմության ամենամեծ դեմքերից մեկը, լուսավորիչ-դեմոկրատ Խաչատուր Աբովյանը: Քանաքեռում է անցել նրա վաղ մանկությունը (1805-1814): Քանաքեռի հիմնադրման և անվան վերաբերյալ պահպանվել են զանազան ավանդություններ: Ըստ մի ավանդության՝ Քանաքեռը կամ Քամաքերը եղել է Նոյի Քամ որդու բնակատեղին՝ հիմնված ջրհեղեղից անմիջապես հետո: Մեկ այլ ավանդության համաձայն՝ հին ժամանակներում այդ գյուղի մերձակայքում բնակվելիս է եղել Քանան կամ Քանանիդ անունով ինչ-որ թագավոր կամ իշխանազուն: Այս Քանանն ունեցել է մի քույր, որ բնակվել է հենց այն վայրում, ուր առայժմ Քանաքեռն է գտնվում: Մարդիկ սովորություն են ունեցել այդ աղջկան կոչել պարզապես Քանանի քույր: Եվ այստեղից էլ «Քանանաքույր» կամ «Քանաքեռ» բառերը հաճախակի կրկնվելով ժողովրդի բերանում վերափոխվել են Քանաքեռ տեղանվան: Եվ մի երրորդ ավանդություն ևս, որի համաձայն Քանաքեռ տեղանունը ծագել է «Քա՛, նա քեռն…» արտահայտությունից: Իբր թե մի անցվոր կին, տեսնելով նահատակված քրոջ գերեզմանի վրա սգացող եղբորը, ձայն է տվել ընկերուհուն. «Քա՛ (այսինքն՝ աղջի), նա քեռն ողբա զկորուստ…», և այս արտահայտության առաջին բառերն էլ՝ Քա+նա+քեռ, հետագայում դարձել են գյուղի անունը:
Քանաքեռի բազմադարյա պատմության մասին մեզ տեղեկություններ են տալիս նաև այնտեղ եղած հուշարձանները:
Մինչև մեր օրերը հասած ամենահին հուշարձանը Խաչքար-մահարձանն է: Այն հայտնի է նաև Ամենափրկիչ անվանմամբ: Խաչքարը հիմնադրվել է 1265թ-ին: Նրա կառուցումից հետո շատ աղետաբեր փոթորիկներ են անցել Քանաքեռի վրայով, սակայն այն անվնաս է մնացել: 1679թ-ի ահավոր երկրաշարժի ժամանակ հիմնահատակ ավերվել են գյուղի երկու եկեղեցիները, բոլոր տներն ու շինությունները, բայց այս մահարձանը մնացել է կանգուն ու անվնաս: Մահարձան-խաչքարը կարող է համարվել փորագրական արվեստի լավագույն նմուշներից
Քանաքեռում կա երկու եկեղեցի: Եկեղեցիներից մեկը նվիրված է Մծբնա ս. Հակոբ Հայրապետին: Կառուցվել է 1695թ-ին և վերանորոգման ենթարկվել 1793թ-ին: «Այս եկեղեցին ունի ճարտարապետական հիանալի կառուցում, պորտալն ու շրջանակները նրբորեն զարդարված են հին հայկական ոճի սքանչելի օրնամենտով»,- գրել է գերմանացի պրոֆեսոր Հերման Աբիխը:
Գյուղի հյուսիսային ծայրի բլրակի վրա ս. Հակոբ եկեղեցուց դեպի հյուսիս, հասարակաց գերեզմանոցի կենտրոնում 1695թ-ին կառուցվել է ս. Աստվածածին եկեղեցին և վերանորոգվել 1875թ-ին: Ըստ Զաքարիա սարկավագի՝ այս եկեղեցին պատկանել է այնտեղի կուսակրոն միաբանությանը, այսինքն՝ Քանաքեռի վանքին: Միաբանությունն ունեցել է իր դպրոցը, որտեղ պատրաստվել են գյուղերի համար քահանաներ ու տիրացուներ: